1525 wird die Anlage unter dem Einfluß Thomas Müntzers zerstört und geplündert.
Altäre, Reliquien und Messbücher wurden zerstört, die Fischteiche aufgestochen, das Vieh vertrieben, die Keller geplündert.
Zwar kam es unverzüglich zur Wiedereinrichtung -noch im Sommer 1525 wurde die Glocke neu gegossen, doch das Kloster hat sich von den Auswirkungen des Bauernaufstandes nicht mehr erholt. Ein verkleinerter Konvent und sehr beschränkte finanzielle Mittel zeigen den provisorischen Charakter des Wiederaufbaus.
1540 wurde das Kloster aufgelöst. Es wurde dann als herzogliches Amt genutzt, im 30-jährigen Krieg jedoch weiter zerstört. 1840 gab es noch einmal wirkungslose Restaurierungsversuche, nach der Zeit der Weimarer Republik nutzte man einzelne Gebäude dann als Wohnhäuser.
